שינויים

בכ"ח באייר תרס"ד עלה לארץ ישראל לאחר שקיבל את הצעת רבנות יפו והמושבות והעדיפה על הצעות הרבנות של סלונים וקובנה, הצעה למשרת מגיד מישרים בווילנה והצעה להיות המנהל הרוחני של ישיבת טלז. לאחר שנתקע באירופה בגלל פרוץ מלחמת העולם הראשונה ונדחתה הכנסייה הגדולה הראשונה של אגו"י שהראי"ה הוזמן להשתתף בה, היה רבה של קהילת "מחזיקי הדת" החסידית בלונדון ובג' באלול תרע"ט חזר לארץ לכהן פאר ברבנות ירושלים והחל בפועל לשמש במשרה נכבדה זו בטבת תר"פ. מיעוט מהאשכנזים לא קיבל את המינוי כי סבר שהרב קוק מתון מדי לקהילת ירושלים והקים את "העדה החרדית" והרב [[יוסף חיים זוננפלד]] נבחר לרבה הראשון. אך למרות המחלוקת ההשקפתית ואף לאחר פרסום הספר "אורות" שהחריף את המחלוקת, התייחסו לרב קוק בהערצה אישית<ref>ראו [https://maranharavkook.blogspot.co.il/ כאן] על כך.</ref> למעט "הקנאים", החרדים הקיצוניים ביותר שרובם המכריע מיהדות הונגריה<ref>מחסידויות כגון סטמר ומונקץ'. גם בגליציה הייתה דעה קנאית כזו בחסידויות כמו צאנז ובלז אך מאז התמתנו. גם הרבי הרש"ב מחב"ד היה קנאי כזה, אך הייתה התמתנות אצל בנו הרבי הריי"צ שהיה ביחסי ידידות קרובים עם הראי"ה והרבי האחרון המשיך קו זה. בחלקים מרומניה גם הייתה קנאות כזו כמו אצל הרב חיים שמואל שור שהיה רבה של בוקרסט והוא השמיע דברי פגיעה ברב קוק בכנסייה הגדולה הראשונה של אגודת ישראל בוינה בתרפ"ג ויו"ר הישיבה הרב אהרן לוין מרישא היסה אותו והביא לךהפסקת נאומו של הרב שור. בעקבות זאת החפץ חיים שלא היה בישיבה זו אך שמע על הדברים עזב את שטח הכינוס וחזר למעונו עד סוף הכינוס.</ref>.

נפטר בג' אלול תרצ"ה, שש עשרה שנים מעת לעת לאחר עלותו ירושלימה. בהלווייתו השתתפו כחמישית מהיישוב היהודי בארץ שמנה אז כ-360 אלף נפשות. השתתפו בלוויה מקיבוצניקים חילוניים גמורים ועד חרדים אדוקים ומתנגדים לדרכו, למעט הקנאים הקיצוניים ביותר.