ייסד את מכון "הלכה ברורה", העוסק בכתיבת וחיבור הפסיקה ההלכתית של התלמוד, עבודה שעסק בה ללא לאות, ושראה בה בנין התורה לדורות. בתרצ"ג ייסד בירושלים את "מכון הארי פישל לדרישת התלמוד", למחקר מדעי של היהדות, ובמיוחד תורה שבעל פה, והעמיד בראשו את הרב שאול ליברמן שנחשב לאחד מגדולי חוקרי התלמוד וספרות התורה שבעל פה, וכחברי המכון בחר עשרה מתלמידיו המובחרים. כאיש ציבור הגיב למעשיהם והחלטותיהם של הבריטים, ונודע בעמידתו האיתנה מול ממשלת המנדט הבריטי בארץ ישראל, כמו למשל בשאלת זכותו של עם ישראל על הכותל המערבי. כאשר באה אליו משלחת של ראשי המוסדות הציוניים כדי לשכנעו לוותר על הבעלות על הכותל ולהסתפק בזכות להתפלל במקום, אמר: "חלילה לנו! עם ישראל לא ייפה את כוחנו לוותר בשמו על הכותל המערבי!... אם חס ושלום נוותר על הכותל גם הקב"ה לא ירצה להחזירו לנו". במאורעות תרפ"ט, טילפן בשבת לממלא מקום הנציב העליון, הארי לוק, וכאשר הלה הציב עמדה מהססת בקשר לדיכוי הפורעים, הורה לו לירות ברוצחים בשם המצפון האנושי. ובעקבות פרעות תר"ץ, אמר בוועדת החקירה הבריטית: "מלך אנגלי תרגם פעם את התהילים שלנו לאנגלית, ותחת שלטון אנגלי שרפו פורעים ספרי תהילים במקום הקדוש לנו ביותר".
בתרצ"ב הקים את "מכון הארי פישל לדרישת התלמוד" שעיסוקו בההדרת כתבי ראשונים והוצאתם לאור וראשוני המכון היו עשרה מהמובחרים שבתלמידי ישיבתו. המכון התפתח בזמן הרב הרצוג כונה "מכון הארי פישל לדרישת התלמוד ומשפט התורה". כיום הוא חלק מ"מכון אריאל - מפעלי תורה יהדות וחברה בישראל" ומכונה המכונה גם "מוסדות אריאל" ([http://mosdot-ariel.org.il/ אתר המכון])כיוון שהוא מורכב למעשה מכמה מכונים ומוסדות.
לאחר ששלושה מהרוויזיוניסטים, אב"א אחימאיר, אברהם סטבסקי וצבי רוזנבלט הואשמו ברצח ארלוזורוב ואף הורשעו בתחילה בעדויות שקר וראיות מפוברקות כשסטבסקי נידון למוות, עמד בעוז על חפותם ועל כך הותקף קשה ביותר בעיתוני אנשי השמאל ובמודעות מטעמם. הרוצחים האמתיים היו הערבים עיסא דרוויש ועבד אל מגיד שהיו כמה וכמה ראיות שקשרו אותם למעשה כולל האקדח שישמש לרצח וקליעים תואמים לאלו שנורו בחיים ארלוזורוב הי"ד שנמצאו אצל אחד מהשניים, תאורה את הרוצחים של סימה אחד מהרוצחים התאים לערבים הנ"ל כולל שאחד מהם הלך כמו ברווז, אמנם במשפט העידה כביכול שמזהה את סטבסקי ורוזנבלט כשני הרוצחים (אחימאיר זוכה בינתיים משותפות ברצח) אך מקום הרצח בחוף הים היה חשוך מדי מכדי לזהות. יש לציין שרוזנבלט נצפה כשעה לפני זמן הרצח בירושלים כשזמן הנסיעה אז בין ירושלים לת"א ארך כ-3 שעות. בסופו של דבר זוכו השניים, אך שני הערבים לא הורשעו במקומם. דרוויש הודה במעשה לאחר מלחמת ששת הימים למרות שלא היה לו כל אינטרס להודות ברצח. הרצי"ה סיפר שהתעקשותו הרבה של אביו בחפותם של השניים הייתה גם בגלל ששופט אנגלי הודה לפניו שהייתה הוראה מגבוהה להרשיע את הרוויזיוניסטים. אך כאמור בסופו של דבר כל השלושה זוכו, אך הרוצחים האמתיים לא הועמדו לדין.