הראי"ה שבעצמו היה נרדף בידי הקנאים עזר לא פעם לחסידי ברסלב נגד רודפיהם.
==מתנגדיו==רבנים במחנה החרדי, ובהם החזון איש והרב יצחק זאב סולובייצ'יק מבריסק, התנגדו לשיטתו הציונית של הרב קוק, אך העריכו את אישיותו וגדלותו בתורה. במחנה "העדה החרדית" היו שהתנגדו לו בחריפות בשל דעותיו והתחברותו, לדעתם, לרשעים. חוגים אלו החרימו אותו ואת כתביו והוציאו נגדו קונטרסים ופשקווילים ובהם גידופים ושמות גנאי. הרב גלזר, רבה לשעבר של רמלה, סיפר כי היו בשכונת מאה שערים שצעקו לו "אפיקורס" מאחורי תריסים מוגפים, כאשר הלך ברחוב. קבוצה של קיצונים מהיישוב הישן עשו בל"ג בעומר באחת השנים, בובה בדמותו והעלוה באש. יעקב ישראל דה האן שהיה מהעסקנים הבולטים בעדה החרדית ארגן תביעה משפטית כנגד הרב קוק בראשית ימי המנדט הבריטי. רבי אלחנן וסרמן, שנמנה עם הפלג הקנאי באגודת ישראל, כתב: "ידוע כי העומד בראש הרבנות הראשית כותב וחותם קול קורא לעורר היהודים לתת כסף לקרן היסוד, וידוע גם כן כי כספי קרן היסוד הולכים לגדל כופרים להכעיס, ואם כן המעורר לתמוך בקרן זה הוא מחטיא את הרבים במדרגה היותר נוראה ... ואם רואים אנו שהוא מהלל רשעים יודעים אנו שזהו רשע גמור באופן שהדבר ברור שאסור להתחבר לאיש כזה. ולולא שאינני כדאי הייתי אומר כי המחזיק בהצעה זאת (לחבר את העדה החרדית עם הרבנות הראשית) ראוי לנדותו" (קובץ מאמרים ח"א עמוד קנ"ג). רבנים בהונגריה רבתי מלפני השואה יצאו נגדו בקיצוניות. לאחר המלחמה המשיך בכך האדמו"ר רבי יואל טייטלבוים ממסאטמר, שקרא לו "איש צר ואויב לדת תורתינו הקדושה ולעיקרי האמונה דרך קשתו כאויב להפר ברית עולם, הנקוב בשם אברהם יצחק קוק... ומבלעדי זאת הוסיף פשעים על פשעים, להדפיס בספריו הטמאים, גלויים וידועים, דברי מינות וכפירה, בעזות מצח וחוצפה יתירה, את ה' הוא מגדף ביד רמה, אשר לא נראה ולא נשמע כזאת מימים ימימה." רבי יעקב חיים סופר, בעל כף החיים, חתם עם כמה חכמים ספרדים שלא לקרוא בספר אורות. ==הספר "שני המאורות"===
ארגון "אור האורות" להפצת משנת הראי"ה הוציא לאור ספר בשם '''שני המאורות : רבי נחמן מברסלב זצ"ל והרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל''' על הקשר של הראי"ה לרבי נחמן ותורתו והשפעתה על הראי"ה<ref>ראו [http://www.orhaorot.022.co.il/BRPortal/br/P102.jsp?arc=243466 כאן] על הספר.</ref>.