לאחר שעלה לארץ בגיל 39 בתרס"ד כיהן כרב יפו והמושבות ובהמשך לאחר שנתקע באירופה בגלל פרוץ מלחמת העולם הראשונה ונדחתה הכנסייה הגדולה הראשונה של אגו"י שהראי"ה הוזמן להשתתף בה היה רבה של קהילת "מחזיקי הדת" בלונדון ובג' באלול תרע"ט חזר לארץ לכהן פאר ברבנות ירושלים.
בארץ היו לו קשרים הדוקים עם גדולי חסידי ברסלב ביפו ובירושלים כמו הרב [[שמואל מאיר אנשין]], [[שמואל העשיל פרידמן]]<ref>ראו [https://www.yeshiva.org.il/midrash/20357 כאן] מזכרונותיו על הראי"ה כשהיה רב יפו והמושבות.</ref>, הרב [[אברהם ב"ר נחמן חזן מטולטשין|אברהם חזן]]<ref>היה חברותא של הרב קוק בקבלה שאותה למדו בלילות. אחת ההסכמות על [[ביאור הליקוטים]] של הרב חזן היא של הראי"ה שבני משפחה שהוציאו לאור את הספר אחרי פטירתו השמיטוה, ובזה ראו פגעו בכבוד ראש משפחתם.</ref>, הרב [[שמואל הורביץ]]<ref>הראי"ה עזר לר' שמואל הורוויץ להכנס חזרה לארץ אחרי שהיה באומן ונאסר.</ref>, הרב [[אליעזר יצחק קניג]] ובנו הרב [[גדליהו אהרן קעניג|גדליה אהרן קניג]], הרב [[ישראל קרדונר (היילפרין)]], ר' [[צבי אריה ליפל]], והיה בקשרי מכתבים עם הרב [[אברהם שטרנהארץ]].
תורת ברסלב שימשה מיסודות משנת הראי"ה.<ref>ראו כאן סדרה של ארבעה מאמרים על הקשר של הראי"ה לחסידות ברסלב: [http://www.shoresh.org.il/spages/articles/article1856.htm אני נשמת רבי נחמן], [http://www.shoresh.org.il/spages/articles/article1857.htm הרב קוק ותורת ברסלב], [http://www.shoresh.org.il/spages/articles/article1858.htm הרב קוק מגן על חסידי ברסלב מפני החולקים], [http://www.shoresh.org.il/spages/articles/article1859.htm האם הרב קוק "הסתייג" מברסלב?]. וראו עוד [http://forums.breslev.co.il/forum/forum_posts.asp?TID=6435&PN=1&SID=1e1d5c2z-9bff-1dfc3cf6-8fe534z9-616e4cz5 כאן] (בדף הראשון הובא שכביכול הרצי"ה היה מתנגד חריף לברסלב אך זה אינו נכון וכפי שמראים אחרים בהמשך).</ref><ref>לצד הרמב"ם, הריה"ל, הרמב"ן, האר"י, המהר"ל, הרמח"ל, הגר"א ומקורות אחרים של תורת החסידות כמו "בעל התניא", "שפת אמת" מגור, "מי השילוח" ובנו ה"בית יעקב" מחסידות איז'ביצה-ראדזין ור' צדוק הכהן מלובלין.</ref>
הראי"ה שבעצמו היה נרדף בידי הקנאים עזר לא פעם ליחסידי ברסלב נגד רודפיהם.
ארגון "אור האורות" להפצת משנת הראי"ה הוציא לאור ספר בשם '''שני המאורות : רבי נחמן מברסלב זצ"ל והרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל''' על הקשר של הראי"ה לרבי נחמן ותורתו והשפעתה על הראי"ה<ref>ראו [http://www.orhaorot.022.co.il/BRPortal/br/P102.jsp?arc=243466 כאן] על הספר.</ref>.