בארץ היו לו קשרים הדוקים עם גדולי חסידי ברסלב ביפו ובירושלים כמו הרב [[שמואל מאיר אנשין]], [[שמואל העשיל פרידמן]]<ref>ראו [https://www.yeshiva.org.il/midrash/20357 כאן] מזכרונותיו על הראי"ה כשהיה רב יפו והמושבות.</ref>, הרב [[אברהם ב"ר נחמן חזן מטולטשין|אברהם חזן]]<ref>היה חברותא של הרב קוק בקבלה שאותה למדו בלילות. אחת ההסכמות על [[ביאור הליקוטים]] של הרב חזן היא של הראי"ה שבני משפחה שהוציאו לאור את הספר אחרי פטירתו השמיטוה, ובזה ראו פגעו בכבוד ראש משפחתם.</ref>, הרב [[שמואל הורביץ]], הרב [[אליעזר יצחק קניג]] ובנו הרב [[גדליהו אהרן קעניג|גדליה אהרן קניג]], הרב [[ישראל קרדונר (היילפרין)]], ר' [[צבי אריה ליפל]], והיה בקשרי מכתבים עם הרב [[אברהם שטרנהארץ]].
תורת ברסלב שימשה מיסודות משנת הראי"ה.<ref>וראו ראו כאן סדרה של ארבעה מאמרים על הקשר של הראי"ה לחסידות ברסלב: [http://www.shoresh.org.il/spages/articles/article1856.htm אני נשמת רבי נחמן], [http://www.shoresh.org.il/spages/articles/article1857.htm הרב קוק ותורת ברסלב], [http://www.shoresh.org.il/spages/articles/article1858.htm הרב קוק מגן על חסידי ברסלב מפני החולקים], [http://www.shoresh.org.il/spages/articles/article1859.htm האם הרב קוק "הסתייג" מברסלב?]. וראו עוד [http://forums.breslev.co.il/forum/forum_posts.asp?TID=6435&PN=1&SID=1e1d5c2z-9bff-1dfc3cf6-8fe534z9-616e4cz5 כאן] (בדף הראשון הובא שכביכול הרצי"ה היה מתנגד חריף לברסלב אך זה אינו נכון וכפי שמראים אחרים בהמשך).</ref><ref>לצד הרמב"ם, הריה"ל, הרמב"ן, האר"י, המהר"ל, הרמח"ל, הגר"א ומקורות אחרים של תורת החסידות כמו "בעל התניא", "שפת אמת" מגור, "מי השילוח" ובנו ה"בית יעקב" מחסידות איז'ביצה-ראדזין ור' צדוק הכהן מלובלין.</ref>
ארגון "אור האורות" להפצת משנת הראי"ה הוציא לאור ספר בשם '''שני המאורות : רבי נחמן מברסלב זצ"ל והרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל''' על הקשר של הראי"ה לרבי נחמן ותורתו והשפעתה על הראי"ה<ref>ראו [http://www.orhaorot.022.co.il/BRPortal/br/P102.jsp?arc=243466 כאן] על הספר.</ref>