מתלמידי הרב קוק תלמידי חכמים מובהקים רבים.
===באופן פרטי (לא בלימודים בישיבה בראשותו)===
*[[הרצי"ה קוק]].<ref>בנו של הרב קוק ובנה הראשון של רייזה רבקה, רעייתו השנייה של הראי"ה ובת הרב צבי יהודה רבינוביץ-תאומים שהיה אחיו התאום של האדר"ת, אבי רעייתו הראשונה של הרב קוק, אלטה בת-שבע, שנפטרה צעירה והולידה לרב קוק את הבת פריידל. ראו עליו [http://www.kaye7.org.il/rav_kook2.htm#c14 כאן].</ref>*[[הרב יעקב משה חרל"פ|רבי יעקב משה חרל"פ]].<ref>גדול תלמידי הראי"ה שכיהן כרב שכונות "שערי חסד" ומרחביה וראש ישיבות "מרכז הרב" ו"בית זבול" ומחבר סדרות הספרים "מי מרום" במחשבה (כעשרים כרכים על התנ"ך [כולל חמישה כרכים של שיחותיו בסעודה השלישית וכרך של הערות קצרות על התורה ומגילת אסתר בשם "בינת המקראות" וכרך על תהילים ומשלי], המועדים [כולל כרכים על הימים הנוראים ["אורי וישעי"] ועל שלוש רגלים ועל הגדה של פסח ועל חנוכה ופורים ועל ז' באדר), שמונה פרקים לרמב"ם, מסכת אבות, כרך על משנתו הדתית-לאומית בשם "מענייני הישועה", ושני כרכים בענייני קבלה בשם "לחם אבירים", ו"רזי לי" שבו יומן אישי דברים אישיים ודברי מחשבה קצרים בנושאים שונים; "בית זבול" בהלכה (שישה כרכים של חידושים ושו"ת), "טובים מאורות" על ספר "אורות" (מגן על דברי הראי"ה כנגד ההתקפות על דברים בספר), "אמרות טהורות" שבו מאמרים לשעה ולדור, אוספי מכתביו: "הד הרים" שבו מכתבים לראי"ה ולרצי"ה, "מכתבי מרום" שבו מכתבי עידוד וחיזוק בהשקפה ומוסר ודרך חיים, "ברכת מרום" שבו הסכמות ומכתבי ברכה והערכה. ראו עליו במקורות הבאים: [http://meyda.education.gov.il/files/tarbut/pirsumeagaf/kitveet/271pdf.pdf בגיליון של "דף לתרבות יהודית"], [http://www.mercazharav.org.il/default.asp?pg=56 באתר "מרכז הרב"], [http://www.tidhar.tourolib.org/tidhar/view/3/1303 באנציקלופדיה לחלוצי היישוב ובוניו], [http://www.yeshiva.org.il:5773/midrash/Hmidrash.aspx?cat=792 שיעורים עליו באתר ישיבה], [http://www.charlap.022.co.il/BRPortal/br/P103.jsp?cat=4399 מאמרים ושיעורים ומסמכים על הרב חרל"פ ומשנתו באתר המשפחה]. שלושת בניו וארבעת חתניו היו תלמידי-חכמים גדולים: בנו הרב יחיאל מיכל שהיה רב בברונקס; בנו הרב חיים זבולון (א' באייר תרס"ב-י"ג בתמוז תשכ"ו) שב-41 שנותיו האחרונות היה רבה של ראשל"צ וחיבר ספרים תורניים (וחוץ מפעילותו הרבנית והתורנית היה ממייסדי חברת "נחלת ישורון" בירושלים לגאולת אדמות בעיר והיה מנהלה) ובנו הרב יצחק מאיר (י"א בתמוז תרצ"א-כ"ח באלול תשנ"א) היה רבה של יקנעם ואח"כ הרב של קונצרן אוסם שבנו הרב יעקב משה המשיך אחריו בתפקיד זה; בנו הרב יוסף דוד זאב שהיה ראש ישיבת "בית זבול"; הרב מרדכי יהודה לייב זק"ש (שנשא את חיה בריינה) שהיה רב בשכונת זיכרון משה והסביבה; הרב שמואל ברוך ורנר (תרע"א-תשנ"א) שהיה אב"ד בתל-אביב (נשא את קיילה-יהודית); הרב אברהם שדמי (פשדמייסקי) שלמז ב"מרכז הרב" עוד בזמן הראי"ה ומילא את מקום חותנו כראש ישיבת "בית זבול" (נשא את מרים-דבורה); הרב ישראל הלוי בארי (קולדונר, תרע"א-י"ד בכסלו תשל"ג) שהיה רבהּ של נס ציונה וחיבר ספרים תורניים (נשא את חוה-דינה) ובנו הרב בנימין הוא אב"ד באשקלון.</ref>*[[הרב יצחק אריאלי|רבי יצחק אריאלי]].<ref>נולד בעיר העתיקה בירושלים ולמד בישיבות "תורת חיים" ו"עץ חיים". עם עליית הרב קוק לירושלים, יצר עמו הרב אריאלי קשר קרוב ונעשה לאחד מגדולי תלמידיו. היה רב שכונת "בצלאל - כנסת ישראל" וממייסדי שכונות "קריית שמואל" ו"נווה שאנן" בירושלים. היה הפוסק ומורה ההוראה של בית החולים "ביקור חולים". שימש כמנהל הרוחני והמשגיח בישיבת מרכז הרב. הרב משה צבי נריה העיד עליו שמעולם לא החמיר בגלל ספק הלכתי. על שמו קרוי רחוב בביתר עלית. רחוב נוסף, בשכונת "מזכרת משה" בירושלים, קרוי על שם ספרו "עיניים למשפט". חתן פרס ישראל לספרות תורנית לשנת תשכ"ו על סדרת "עיניים למשפט". ומחבר ספרים תורניים חשובים שהמפורסם בהם הוא "עיניים למשפט" וכן "מדרש אריאל" על התורה, "ירח האיתנים" על חגי תשרי ו"שירת הגאולה" על הגדה של פסח. מחמשת בניו שלושה היו תלמידי חכמים: הרב גרשון שכיהן כדיין בבבית הדין הרבני בנתניה, הרב שמריה אריאלי והרב יעקב אריאלי, וכן שני חתניו הרב מרדכי אילן שהיה אב"ד בת"א וחיבר ספרים תורניים וזכה בפרס הרב קוק לספרות תורנית והרב צבי כהנא שהיה ראש ישיבה במושב "בית מאיר". שני בניו הנוספים הם ד"ר נחום אריאלי ומשה אריאלי. נכדו הוא הרב אשר אריאלי המכהן כר"מ בישיבת מיר ומחשובי מגידי השיעורים בעולם הישיבות.</ref>*[[הרב דוד כהן|רבי דוד יהודה אריה לייב כהן]] ("הרב הנזיר").<ref>מרבני ישיבת "מרכז הרב" ועורך "אורות הקודש". מחבר "קול הנבואה" על ההיגיון השמעי. היה צמחוני ונהג נזירות באיסור שתיית יין וגידול שער. על תולדותיו ראו [https://sites.google.com/site/kolhanevoah/home/toldot כאן]. היה צאצא בן אחר בן של [http://www.hebrewbooks.org/pdfpager.aspx?req=746&pgnum=6 הרב רפאל הכהן כ"ץ מהמבורג], וכן צאצא של [http://www.nechama.org.il/commentatorsPopup/204.html הרב יהושע פלק הכהן כ"ץ ('הסמ"ע')] שרבי רפאל הכהן נשא לאישה את מרת תמר, נכדת הסמ"ע.</ref>*[[רבי הרב אריה לוין]].<ref>"הצדיק הירושלמי" ומגדולי תלמידי הראי"ה. עסק רבות במעשי חסד ומכאן כינויו וכן כונה "אבי האסירים" ו"רב האסירים" בזכות ביקוריו בבתי הכלא עוד בזמן המנדט הבריטי ואז היה מעביר ידיעות בין המשפחות לאסירים בפתקים בתוך קפלי בגדיו שרעייתו חי-ציפורה הייתה תופרת. עליו למשל [http://hebrewbooks.org/pdfpager.aspx?req=12337&st=&pgnum=44&hilite= בכתב העת הפרדס לאחר פטירתו], [http://www.tidhar.tourolib.org/tidhar/view/3/1492 ב"אנציקלופדיה לחלוצי הישוב ובוניו"], וראו את [http://www.meirtv.co.il/site/content_idx.asp?idx=4666 הסרט התיעודי עליו] ואת [http://www.dnoam.022.co.il/BRPortal/br/P102.jsp?arc=144625 צוואתו]. חיבר "משנת אריה" על המשנה ("הוועד להוצאת כתבי רבי אריה לוין", ירושלים תשע"א) ופירוש לפרקי אבות בשם "ר’ אריה היה אומר : מסכת אבות מבוארת בידי רבי אריה לוין" וכן יצא "מפי השמועה: דברי תורה שנאמרו על ידו" (בעריכת שמחה רז). שמחה רז שהיהמבאי ביתו חיבר עליו את הספרים "איש צדיק היה" ו"צדיק יסוד עולם".</ref>
*[[רבי חיים יעקב לוין]].<ref>בכורו של הרב אריה לוין. נולד בכ"ה באב תרע"א ונפטר בכ"ב באב תשנ"ג. כיהן כרב בניו-ג'רסי ובסיאטל ורבה של פרדס חנה-כרכור. חיבר את "חיל המלך" ו"חיל המקדש" ופירוש ל"ראש מילין" של הראי"ה. עליו ראו [http://hebrewbooks.org/pdfpager.aspx?req=6562&st=&pgnum=89&hilite= כאן] שהיה עוד בחיים ודברים לאחר פטירתו ראו [http://www.hebrewbooks.org/pdfpager.aspx?req=12402&pgnum=31 כאן]. על קשריו עם הראי"ה ראו [http://www.yeshiva.org.il/SiteProjects/midrash/printshiur.aspx?id=8327 כאן].</ref>
*[[רבי יצחק הוטנר]].<ref>התפרסם ראש "ישיבת [[הרב חיים ברלין|רבי חיים ברלין]]" בניו-יורק וכמחבר "פחד יצחק" על התורה והמועדים ו"תורת הנזיר. היכרותו עם הראי"ה הייתה מעלותו באייר תרפ"ה כחלק מעליית ישיבת "כנסת ישראל" לארץ לחברון והיה מדי פעם בא לפני הראי"ה. על אף שהתנגד לציונות תמך הרב הוטנר במכלול משנת הראי"ה וראה בה את "תורת ארץ ישראל". ראו עליו במקורות הבאים: [http://www.tog.co.il/he/Article.aspx?id=534 כאן], [http://musaf-shabbat.com/2011/02/06/%D7%9E%D7%9C%D7%9A-%D7%91%D7%91%D7%99%D7%AA-%D7%94%D7%9E%D7%93%D7%A8%D7%A9-%D7%99%D7%A9%D7%A2%D7%99%D7%94-%D7%A9%D7%98%D7%99%D7%99%D7%A0%D7%91%D7%A8%D7%92%D7%A8/ כאן] ו[http://www.geni.com/people/Rav-Yitzchok-Hutner/6000000006705101140 כאן (באנגלית)].</ref>*[[הרב שלמה זלמן אוירבך|רבי שלמה זלמן אוירבך]].*[[הרב יוסף שלום אלישיב|רבי יוסף שלום אלישיב]].
*הרב ד"ר בנימין מנשה לוין.<ref>נולד בי"ז באייר תרל"ט ונפטר בח' בניסן תש"ד. מגדולי חוקרי תלמוד שערך וההדיר את כרכי "אוצר הגאונים" וכתבי גאונים וראשונים רבים. הכיר את הרב קוק בעיירת הנופש דובלן באזור קורלנד בלטביה שבה התגורר בהמלצת רופאיו בגלל שחלה עקב התמדתו הרבה בלימוד. בזמן שהרב קוק היה רב בבויסק שבלטביה ובקיץ היה נופש בעיירה. אמנם התוודע לדברים של הרב קוק ממכתבים ששלח לחוקר והסופר ר' שמואל אלכסנדרוב שהרב ד"ר לוין היה מקורב אליו.</ref>
*הרב ד"ר משה זיידל.<ref>מרצה לתנ"ך שהכיר את הראי"ה מבויסק ומאז היה מתלמידיו, וכן היה מרבותיו של הרצי"ה באותה תקופה יחד עם הרב ד"ר בנימין מנשה לוין.</ref>